微生物多样性测序是对环境样品中细菌(16S rDNA)、真菌(18S/ITS)、功能基因等基因的DNA进行特定长度的PCR扩增并对扩增产物进行测序的分析,可实现对环境样品中的优势物种、稀有物种和一些未知物种进行检测,精准解析微生物在种属水平上的组成和丰度情况,是当前研究环境微生物多样性及群落组成差异的重要技术手段。
Ø 细菌微生物多样性
16S rDNA测序:16S rDNA具有10个保守区和9个高变区。保守区反映生物物种间的亲缘关系,高变区反映物种间的差异。对16S rDNA某个高变区进行测序,用于研究环境微生物中的群落结构多样性。
Ø 真菌微生物多样性
18S rDNA测序:18S rDNA也包含可变区和保守区。对18S rDNA某个高变区进行测序,用于研究环境样本中真核微生物群落结构多样性。
ITS1测序:ITS分为两个区域:ITS1和ITS2。ITS区域进化速率是18S rDNA的10倍之多。对ITS1和ITS2进行测序,用于研究环境样本中真核微生物群落结构多样性。
Ø 功能基因多样性
功能微生物是在自然界中由于其功能的重要性而受到广泛关注的一类微生物,如硝化细菌、反硝化细菌、氨氧化细菌、硫酸盐还原菌、固氮菌等,使这些功能细菌发挥这种特定功能的基因就称为功能基因,如AOA、AOB、nifH等。
功能基因测序,是根据复杂环境中具有特殊功能的微生物基因序列设计引物,用该引物进行PCR扩增,建库后进行高通量测序。功能基因测序可有效研究特定环境中的功能微生物物种信息,包括:功能微生物功能差异、分类和丰度等,并与每个采样点的环境因子相结合,可以同时分析环境因子与功能细菌群落结构的关系,因此对复杂环境中的微生物构成研究有重要的指导作用。
应用方向:
医学领域:疾病与人体微生物间关系,如代谢类疾病、消化类疾病、自身免疫性疾病、肿瘤癌症、神经类疾病及其他疾病等
环境领域:某一特定环境(雾霾、沙尘等污染环境,住宅、商场等生活环境)的微生物群落组成,有机肥发酵处理、污水治理、石油降解、水体及海洋等微生物群落分布和组成等
畜牧领域:肠道、瘤胃等微生物与动物繁殖、生长发育、营养健康、免疫和疾病治疗等的互作关系
农业领域:根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落等
生物能源:特殊功能的菌株、工程菌的开发
特殊极端环境:极端环境条件下的微生物类群研究
检测流程:
送样要求:
样本类型 | 建议送样量 | 最低送样量 |
土壤/污泥/沉积物/腐殖质 | 3g | 0.5g |
水体滤膜(孔径 0.22-0.45μm/直径 3-4cm) | 2张 | 1张 |
拭子 | 3个 | 1个 |
瘤胃液/发酵液/组织液(离心有明显沉淀) | 3mL,沉淀1g | 1mL,沉淀0.5g |
粪便/肠道内容物 | 2g(小鼠 6 粒) | 0.5g(小鼠 3 粒) |
动物/人组织 | 1g | 0.5g |
血浆 | 3mL | 1mL |
鲜奶 | 20mL | 8mL |
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