全长转录组是基于Pacbio平台或Nanopore平台进行测序获得物种转录组信息的方法,其可以获得mRNA全长序列,克服转录本拼接短、信息不完整的难题,实现可变剪切及融合基因等结构变异的研究。
应用方向
Ø 农学
完善基因组/转录组信息:复杂基因结构,转录本结构和功能分析。
差异/动态转录组:胁迫处理或不同时序转录组变化,动植物驯化机制。
比较转录组:近缘物种间亲缘关系,mRNA序列差异。
Ø 医学
融合现象解析:融合基因的癌症致病机理。
复杂基因转录本研究:疾病或癌症相关基因的复杂剪切形式。
定量转录组:基因/转录本水平定量,挖掘条件特异性基因/转录本。
检测流程:
送样要求:
样本类型 | 样本要求 (PacBio) | 样本要求(Nanopore) |
新鲜动物组织干重 | ≥ 0.8g | ≥0.3g |
新鲜植物组织干重 | ≥ 1g | ≥0.5g |
新鲜培养细胞数量 | ≥ 5×107个 | ≥ 5×106个 |
全血(加入Trizol) | ≥ 10mL | ≥ 5mL |
菌体 | ≥ 5×107个/≥ 0.8g | ≥ 5×106个/≥ 0.3g |
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