三代全长转录组

三代全长转录组

描述

全长转录组是基于Pacbio平台或Nanopore平台进行测序获得物种转录组信息的方法,其可以获得mRNA全长序列,克服转录本拼接短、信息不完整的难题,实现可变剪切及融合基因等结构变异的研究。

 

 

应用方向

Ø 农学

完善基因组/转录组信息:复杂基因结构,转录本结构和功能分析。
差异/动态转录组:胁迫处理或不同时序转录组变化,动植物驯化机制。
比较转录组:近缘物种间亲缘关系,mRNA序列差异。

 

Ø 医学

融合现象解析:融合基因的癌症致病机理。
复杂基因转录本研究:疾病或癌症相关基因的复杂剪切形式。
定量转录组:基因/转录本水平定量,挖掘条件特异性基因/转录本。

 

检测流程

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送样要求

样本类型

样本要求 PacBio

样本要求Nanopore

新鲜动物组织干重

≥ 0.8g

≥0.3g

新鲜植物组织干重 

≥ 1g 

≥0.5g

新鲜培养细胞数量

≥ 5×107

≥ 5×106

全血(加入Trizol

≥ 10mL 

≥ 5mL

菌体

≥ 5×107/≥ 0.8g

≥ 5×106/≥ 0.3g

 


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