宏转录组测序

宏转录组测序

描述

宏转录组(Metatranscriptome)测序是指从整体水平上研究某一特定环境,特定时期群体生命全部基因组转录情况以及转录调控规律的研究手段,它以RNA为研究对象,避开了微生物分离培养困难的问题,能有效的扩展微生物资源的利用空间。获取微生物组总RNA并去除rRNA之后,反转录为cDNA,并构建合适长度的插入片段文库,对这些文库进行双端(Paired-endPE)高通量测序,从而能精确定量整个菌群中具有活性的物种精细组成及其对应功能的表达水平,进而锁定菌群中的关键生物标记物、阐明其生物学意义。相较于宏基因组,宏转录组可以比较不同环境下的差异表达基因和差异功能途径,揭示微生物在不同环境压力下的适应机制,探索环境与微生物之间的互作机理。

 

应用方向

医学领域:常见疾病与人体微生物的关系研究

动物领域:肠道、瘤胃(如产甲烷菌类群)与动物健康/营养消化研究等

农业领域:根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落研究等

环境领域:雾霾处理、污水治理、石油降解、酸性矿水处理及海洋环境研究等

特殊极端环境:极端环境条件下的微生物类群研究

 

检测流程

 

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送样要求

样本类型

建议送样量

最低送样量

RNA

5μg

2μg

环境样本

10g

5g

粪便样本

5g

2g

血液样本

5mL

2mL


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