宏基因组测序（Metagenomics Sequencing）是对环境样品中的微生物群落的基因组进行高通量测序，主要研究微生物种群结构、基因功能活性、微生物之间的相互协作关系以及微生物与环境之间的关系。宏基因组测序研究摆脱了微生物分离纯培养的限制，扩展了微生物资源的利用空间，为环境微生物群落的研究提供了有效工具。
应用方向
医学领域：常见疾病与人体微生物的关系研究
动物领域：肠道、瘤胃(如产甲烷菌类群)与动物健康/营养消化研究等
农业领域：根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落研究等
环境领域：雾霾处理、污水治理、石油降解、酸性矿水处理及海洋环境研究等
特殊极端环境：极端环境条件下的微生物类群研究
检测流程：
送样要求：
样本类型 | 建议送样量 | 最低送样量 |
土壤/污泥/沉积物/腐殖质 | 3g | 1g |
水体滤膜（孔径 0.22-0.45μm/直径 3-4cm） | 3张 | 1张 |
空气滤膜（直径种类多，与采样器搭配，有明显颜色沉淀在滤膜上） | 3张 | 1张 |
拭子 | 5-10个 | 3个 |
瘤胃液／发酵液／组织液／冲洗液（离心有明显沉淀） | 3-5mL,沉淀1g | 1mL,沉淀0.5g |
粪便/肠道内容物 | 2g(小鼠6-10粒) | 0.5g(小鼠3粒) |
动物/人组织 | 1g | 0.5g |
牛奶／酸奶 | 30mL／50g | 10mL／5g |
食糜 | 2g | 1g |
食品表面拭子 | 10个 | 5个 |
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